真言宗智山派総本山。 末寺3000。 南北朝のころ創建された紀州根来山学頭寺院が起こり。 1585年(天正13)兵火に遭い、難を京都に避けた。 大坂城落城後、徳川家康が、豊臣秀吉の愛児鶴松の菩提を弔うために建立した祥雲寺の寺領を寄進し、五百仏山根来寺智積院と改め、仏教研学の道場として栄えた。 明治に焼けた金堂は1975年(昭和50)に復興。 江戸初期を代表する池泉観賞式庭園は、中国の廬山を形どったといわれ、収蔵庫には、長谷川等伯一派による桜・楓図(国宝)など極彩色の障壁画を展示。